Не, я тоже замечал периодические "глюки" в работе роботов Яндекса по конкретным постам ТОП-а. Но все они (из тех, на что я обращал внимание) были в пределах границы технических багов и фич. Т.е. к пример, если оказывался какой-то пост, на который резко ссылались сотни людей, то этот пост не сразу появлялся в топе, а через некоторое время, иногда только через сутки.
Очень похоже на фичу защиты от автоматического выведения записей в ТОП, типа если сразу в одночасье появилось много ссылок, это не спроста. Такой пост лучше на время "заморозить", если ссылки продолжат появляться совсем из других мест и выборок, можно "заморозку" выключить и выпустить пост в топ.
Я бы и сам такую штуку придумал бы воплотить, работай я в Яндексе.

Не забываем и про обычные чисто программерские глюки. ТОП довольно часто вообще просто висит, и конечно же находится не один десяток тысяч людей, которые в это самое время написали какой-то ОЧЕНЬ ВАЖНЫЙ (по их мнению) пост, и тут же начинаются конспирологические идеи и подозрения.

Ничего явного, доказывающего что вот - тут конкретно кто-то заплатил денег (или позвонил сверху) и произошло то-то и то-то, я пока не видел.