В том что (возможно) не совсем правильно понимаешь что такое root.

root это получение супер-прав, ибо линукс же.

Наличие этих прав никак не отменяет и не удаляет установленных приложений.
Например мусор от Самсунга вроде Music Hub или Game Hub ты никак не удалишь, даже с рутовыми правами.