Кубики будут разрываться. Все будет разрываться, это процесс спагетификации, когда тебя растягивают по одной оси, и сжимают по другой.

Да, изменяется (искривляется) не просто пространство, а пространство-время. Т.е. время тоже изменяет скорость своего хода. На тех волнах, что мы детектируем, там и скорость хода времени тоже изменяется в порядках 10^-21, что не только не существенно, но и неизмеримо нашей техникой.

Но в принципе да. Если гравитационная волна сильна - будут разные нехорошие эффекты и со временем. Изменение скорости распада изотопов и все такое. Принцип Паули вряд ли нарушится, не те энергии, что нужны для его нарушения.